从2003年开始，卫生部即着手规划建设从中央到31个省、自治区、直辖市的全国突发公共卫生事件应急联动平台，确保各地重大公共事件突发时，各级领导和卫生部门能全面及时掌握突发公共卫生事件和卫生资源等有关信息，提高应对突发公共卫生事件的决策和快速反应能力。目前，国家级的系统正在建设实施中；省级系统也已立项，中央财政最近安排了专项资金1.14亿元人民币，支持22个中西部经济欠发达地区以及辽宁省、新疆生产建设兵团的省级突发公共卫生事件应急指挥与决策系统建设。为更好地部署项目实施工作，卫生部1月12-13日在北京召开了突发公共卫生事件应急指挥与决策系统建设研讨会，全国各省、自治区、直辖市卫生厅（局）的项目相关负责人参加了会议，共同讨论了项目建设的有关问题。预计全国突发公共卫生事件应急指挥与决策系统2007年底建成。
