减毒活疫苗因其存在阳转的危险，已不再被看作是疫苗研究的主流；重组疫苗在基因控制，生产规模及发展多价疫苗等方面显示出一些优越性，但RV不同群之间基因差异比较大，重配难以成功。随着基因工程的兴起，采用基因工程原理与技术研制的新型疫苗克服了以上传统疫苗的不足，取得了不少进展。
亚单位或多肽疫苗 病毒亚单位疫苗是用病毒的裂解物或利用基因工程高效表达的目的蛋白作为免疫源。如将 VP4和VP7的cDNA插入可以口服、在被免疫动物体内无毒复制的适当表达载体（如杆状病毒、猴病毒40、大肠杆菌质粒、重组牛痘病毒等）中表达重组蛋白。1987年Meccrea等将 VP7c编码基因中的不同区段分别与pEX重组，结果只有pEX3／8／5 一种重组方式较为理想，经转化，诱导后可高产量地合成β－Gal－VP7c融合蛋白，用之免疫动物产生特异的高滴度的免疫抗血清。试验证明此种疫苗安全、有效，与重组疫苗交替使用可成为其加强刑。但亚单位疫苗最大的缺点是此类疫苗属于外部抗原，起不到内生性抗原的免疫效果；其次，这种高质纯化的疫苗免疫原性较弱，不能有效地刺激机体产生抗体和免疫应答，而预防轮状病毒感染恰恰需要肠道的局部免疫。
基因疫苗（DNA疫苗） 基因免疫是90年代初发展起来的新方法。基因疫苗以其良好持久的免疫反应性、制备简单、易于保存等传统疫苗难以比拟的优点而受到普遍重视，它标志着疫苗第3次革命的到来，发展前景乐观。基因疫苗是利用基因重组技术直接将编码某种外源蛋白的目的基因，或将几种不同病原体的保护性抗原的DNA序列克隆重到一个载体上制成的多价DNA疫苗，注入宿主体内，使之长期地在体内持续表达，从而激发免疫反应及保护性免疫应答。也可将抗原基因与某些细胞因子克隆到同一载体上，起到联合免疫和增强免疫效果的作用。Greenberg等将编码鼠RV VP4、VP6、VP7基因的cDNA插入表达质粒pCMV作为DNA 疫苗，对同型RV有一定保护作用，表明DNA疫苗可能是控制RV腹泻的一种新方法。多教研制中的基因疫苗，安全、稳定、受热不变性、可以食用且作用持久，这些特性使疫苗的发放工作变得简便易行，可以到达地域的各个角落，但其缺点是免疫原性较低，且过程复杂，技术难度大，成本费用较高。
类病毒颗粒 Estes等采用表达牛RVRF株的 VP2、猴RVSA11株的VP4、VP6、VP7的重组杆状病毒，同时感染昆虫细胞，表达产物自组装成病毒样颗粒（VLP）。另一种方法是组袋含有VP4和VP7的双层病毒空壳颗粒，产生能够刺激各种免疫反应而不复制的一次性免疫。（2002年11月28日）
