为加强乙脑监测信息报告工作质量，提高我国乙脑监测与控制工作水平，根据卫生部下发的《全国流行性乙型脑炎监测方案》内容要求，中国疾病预防控制中心在已运行的“中国疾病预防控制信息系统”中的专病/单病定制平台上，开发了乙脑监测信息报告管理系统，并组织编写了《流行性乙型脑炎监测信息报告管理工作规范（试行）》，（以下简称《规范》）。
2007年6月1日开始，各级疾病预防控制机构要按《规范》的要求，使用专病单病监测信息报告管理系统报告乙脑病例个案调查信息；山西、浙江、安徽、河南、湖北、湖南、广东、广西、海南、重庆、四川、贵州、云南等13个省（自治区、直辖市）同时使用该系统报告国家级乙脑监测点相关数据。
乙脑监测信息报告管理系统的应用将有效提高全国乙脑监测及报告质量，为乙脑的预防控制工作提供科学依据。
