无论是最初在2013年至2014年在法属波利尼西亚，还是最近在巴西东北部，都没有证据显示，所观测到的小头症病例数增多与任何疫苗有关联。
对2014年发表的文献进行的广泛审查表明，没有证据显示妊娠期接种的任何疫苗导致了出生缺陷。为世界卫生组织（世卫组织）在疫苗安全问题上提供独立科学咨询的全球疫苗安全咨询委员会也在2014年得出类似结论。
此外，国家监管机构负责确保向公众发放的疫苗等产品获得适当评估，并符合国际质量和安全标准。世卫组织协助各国加强国家监管体系。
蚊蝇醚（又名吡丙醚）是世卫组织推荐的12种杀灭蚊子幼虫的药剂之一。世卫组织专家团队最近审查了蚊蝇醚的毒理学数据，并未发现有证据显示此种杀虫剂可影响妊娠或胚胎发育。美国环境保护局和欧盟的调查人员也分别在对该产品的评估中得出相似结论。
杀幼虫剂是公共卫生人员手中的一件利器。尤其是，在没有自来水供应的城市和乡镇，人们习惯于在室外容器中储存饮用水，这些水源以及垃圾、花盆和轮胎中的积水是蚊子理想的繁殖场所。
人们经常在储水容器中使用蚊蝇醚等杀幼虫剂杀灭蚊子幼虫。若有人饮用经蚊蝇醚处理的容器中的水，就可能会接触到杀幼虫剂，但接触剂量很低，因此并不损害人体健康。而且，人体摄入的任何杀幼虫剂的90%至95%可在48小时内经尿液排出体外。自蚊蝇醚于上世纪90年代末投入使用以来，从未发现它与小头症存在联系。
没有证据显示巴西寨卡病毒病或小头症是由转基因蚊子导致的。利用转基因蚊子指的是修改雄蚊的基因，导致其与雌蚊交配后的幼虫后代无法存活。这是一种控制蚊群的手段。
世卫组织鼓励受寨卡病毒影响的国家及其合作伙伴作为最直接的防御手段强化使用现有控蚊措施，同时谨慎试验可能在将来应用的控蚊新方法。
正在开发的一项遏制寨卡病毒的技术是，在环境中大量释放经过低剂量辐射的绝育雄蚊。绝育雄蚊与雌蚊交配后，雌蚊繁殖的虫卵无法存活。在控制农业害虫领域，这种方法已被大规模成功应用。没有证据显示这项技术与小头症病例增多或其它人体异常与缺陷相关。
世卫组织鼓励受寨卡病毒影响的国家及其合作伙伴作为最直接的防御手段强化使用现有控蚊措施，同时谨慎试验可能在将来应用的控蚊新方法。
有些地方使用沃尔巴克氏菌等细菌控制蚊群，这类细菌并不感染人类或其它哺乳动物。60％的常见昆虫（如蝴蝶和果蝇）体内有沃尔巴克氏菌。澳大利亚、巴西、印度尼西亚和越南等地释放了携带沃尔巴克氏菌的蚊子，以协助控制登革热（登革热由传播寨卡病毒的同一种蚊子传播）。雌蚊与携带这种细菌的雄蚊交配后，蚊卵不能孵化，从而达到遏制蚊群的目标。
一些受寨卡和登革热病毒影响的国家正利用生物学手段综合控蚊。例如，萨尔瓦多在本国渔民大力支持下，在盛水容器中放养了可以吞食幼虫的鱼类。
